辞書によると代謝とは「生体内のすべての化学反応による物質変化の総称」とあります。言い換えると「体に必要な物質やエネルギーを作り出す為に、化学反応を起こして体内の物質や体外から取り入れた物質を変化させる」ことが代謝です。代謝は大きく分けて「異化」と「同化」の二つに分かれます。
異化とは、大きな分子を小さな分子・部分に分解し、その過程でエネルギー（ATP）を産み出す反応のことです。例えば呼吸も異化の一つで、糖と酸素からエネルギーと二酸化炭素、水を産み出します。また、体内に貯蔵された栄養素（多糖、脂質、タンパク質）を分解し単糖、脂肪酸、アミノ酸等へ分解する事も異化の一つです。例えば、体が冷えた際に脂肪組織内の脂肪を分解してATP（熱エネルギー）を産み出し体温を上げています。逆に、ATPと小さな部品を使って大きな分子（体内だと器官や組織）を構成する化学反応を同化と言います。成長期の細胞や骨の成長、新陳代謝（細胞の新旧入れ替わり）、などが同化の一例です。また、その他にも薬物代謝（体内に入った薬や毒物などを分解・排出する）等もあります。
このように代謝は化学反応を経て物質変換やATP産生を行い生命活動を維持していますが、そこに欠かせないのが化学反応に関与して物質を変化させる、言わば代謝の実行役の酵素です。ただ、酵素には酵素は適した温度やpHでないと活動が鈍くなる性質があるため、体温が下がると酵素活性が落ちてしまい、結果、代謝全体に支障が出てしまいます。そこで琉球温熱療法では施療で体を温め酵素活性を上げ、「代謝を上げる」ことを可能にしています。また「1つの酵素は1つの役割（化学反応）しか起こさない」という特性もあるので、何十種類の酵素が体内で必要になります。その為、酵素の材料のタンパク質、酵素の補助をしてくれるビタミンやミネラルの補充を琉球温熱療法では重視しています。
